Chociaż zabieg endodontyczny jest niezwykle dokładnym zabiegiem, a stomatolog endodonta, który przeprowadza leczenie kanałowe, w tym celu używa mikroskopu, zdarza się, że ciężko jest dostać się do wszystkich odnóg kanału zębowego. W takim przypadku konieczna jest chirurgiczna resekcja zęba. Taki zabieg polega na dostaniu się do przeoczonej części kanału zębowego, gdzie mieści się zakażenie. Żeby dojść do kości chirurg dentysta rozcina tkankę śluzówki. Tym sposobem może porządnie zobaczyć ząb oraz usunąć objęte chorobą fragmenty. W momencie, kiedy kanał jest już dobrze oczyszczony wypełnia go przeznaczonym do tego cementem.
Podobnie jak do endodoncji, w klinikach dentystycznych, chirurg stomatolog przeprowadza resekcję zęba używając mikroskopu. Dzięki temu, zabieg jest wyjątkowo dokładny oraz pozwala dentyście dotrzeć do wszelkich odnóg kanału zębowego. Z reguły już po kilku dniach od przeprowadzenia leczenia, chirurg dentysta może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy leczenie potoczyło się poprawnie, można zbadać, po upływie tygodni, a tego głównym sygnałem będzie zanik bólu.
Przeważnie resekcja zęba konieczna jest, gdy chirurg dentysta nie może zobaczyć dobrze zęba. Na przykład ze względu na budowę kanału. Czasem jest tak, że wokół zainfekowanej tkanki pojawia się torbiel albo ropień . Wtedy nie ma możliwości dotarcia do zęba przez leczenie kanałowe. Chirurg dentysta oceni co okaże się najlepsze.