Do zabiegu resekcji wierzchołka korzenia dochodzi, kiedy nie ma sposobności powtórzenia leczenia kanałowego lub kiedy zmiany okołowierzchołkowe mu nie uległy. Leczy on daleko idący stan zapalny, którego oznakami mogą być dokuczliwe bóle, nasilające się podczas nagryzania. Towarzyszy im obrzęk polika, obecność uwypukleń na dziąśle oraz czasami nawet gorączka. Do zapalenia dochodzi w wyniku reakcji organizmu na bakterie, gromadzące się w kanale korzeniowym. Resekcja precyzyjnie oczyszcza kanał, poprzez usunięcie jego uszkodzonej części.
Chirurg stomatologiczny na wstępie podaje znieczulenie miejscowe, co oznacza, że zabieg jest całkowicie bezbolesny. Dyskomfort i lekkie bóle pojawiają się dopiero później, w wyniku gojenia się rany, powstałej na skutek otwarcia tkanki miękkiej w okolicy korzenia. Pozwala to na odsłonięcie kości i usunięcie zakażonej lub zapalnie zmienionej tkanki, wraz z wierzchołkiem korzenia. Następnie dla uszczelnienia, kanał uzupełnia się przeznaczonym do tego cementem (MTA). Pozostałe ubytki kostne, wypełnia się biomateriałem. Na koniec chirurg stomatologiczny okrywa to miejsce specjalną membraną. Po operacji zaleca się stosowanie zimnych okładów oraz spożywanie zimnych posiłków i napojów, najlepiej niezbyt gęstej konsystencji, aby nie nasilić krwawienia. Trzeba się również trzymać zaleceń i przyjmować wszystkie leki w zapisanych przez stomatologa dawkach.